乾燥標本依據植物分類系統歸檔典藏，以不同顏色標本護夾區分採集地區。比對不同地區/國家的近緣種標本，是分類研究的重要工作，透過跨國採集與國際合作，交換世界各地的標本豐富館藏，本館是植物學家研究東亞區與臺灣植物的重要知識寶庫。
Dried specimens are archived and filed according to the taxonomic system. The coloured cover folders help to distinguish the specimens collected from different areas.Comparing specimens among closely related species from different regions is an important task in taxonomic research. Therefore, we enriched our collection by exchanging specimens and collaboration of collection with other herbaria.
入館された標本は、植物の分類システムによって、種類ごとで別々のファイルに入れて保存される。違う色の標本ファイルで採集地域を分別する。違う地域/国の近縁種の標本を比べ合わせることは、生物分類研究にとって大事な方法だ。海外への採集活動と国際連携を通じて、世界各地の標本を交換し合い、所蔵をより豊かにさせる。当館は東アジア地域と台湾の植物研究にとって重要な機構である。
█ 臺灣 █ 中國 █ 東北亞 █ 美洲 █ 歐洲
█ 東南亞／南亞 █ 非洲 █ 大洋洲
本館收藏日治時期拍攝的玻璃底片，內容涵蓋了台北植物園舊時代景色、黃藤、竹類採集及採漆等產業影像、本所各試驗場試驗研究場景，以及山林風景等，這些珍藏的玻璃底片是窺探早期臺灣林業研究歷史的重要史料。
* 圖：玉山主峰山頂
模式標本為某物種第一次在世界上取名字的引用證據，代表著該物種的形態特徵，對學術研究上極具意義。本館保存了近2000份模式標本，包括以臺灣為屬名(Taiwania)命名的臺灣杉模式標本。這批模式標本是鎮館之寶，更是臺灣植物研究之珍貴資產。
* 圖：臺灣杉模式標本 (TAIF 2824)
本館典藏百餘年前的歷史標本3萬餘份，透過歷史標本見證了臺灣自然環境變遷。例如，高屏海岸的紅樹林植物紅茄苳、細蕊紅樹及紅海欖，因為海岸變遷或港灣擴建等因素，已在野地消失或族群生育地縮減，被列為瀕危植物；烏來杜鵑原棲地北勢溪兩岸，因1984年翡翠水庫興建淹没而判定為「野外滅絶」，館內收藏有佐佐木舜一(1920、1927)模式標本，及呂勝由(1983)年在石碇鷺鷥潭的標本，是見證烏來杜鵑原棲地分布的重要證據。
* 圖：細蕊紅樹 (TAIF 17886)