本標本館自2000年起，開始進行館藏標本資料電腦建檔工作。

一開始使用由塔山自然實驗室所開發之「台灣高等植物資料庫PBASEW」專業植物標本資料庫，進行標本建檔及標本資料輸出(標本標籤)工作。但由於此系統屬於單機型資料庫，無法多人同時使用。

塔山自然實驗室 台灣高等植物資料庫PBASEW

有鑑於網路環境的技術與需求與日俱增，因此自2002年開始，著手開發標本資料管理系統。

新版管理系統架構於林試所內部網路環境，可供多人同時登入進行操作，建檔資料亦可即時於網路上使用。